아파르트헤이트 이후 남아공의 정치적 발전은 진리와 화해위원회(Truth and Reconciliation Commission)에 의해 주도되었다. 이 위원회는 1996년 6월부터 1998년 10월까지 활동하였다.
위원회는 3,600페이지에 달라는 활동결과를 5권의 책으로 출간하였다. 진리와 화해위원회는 아파르트헤이트 이후 남아공이 해결해야 할 세 가지 과제에 집중했다고 보고하였다. 첫째는 인권침해의 진실을 밝히기 위한 위원회의 활동이고, 둘째는 인권희생자들에게 물질적이며 상징적인 인정의 행위로서 보상과 회복을 위한 노력이며, 셋째는 정치적 이유에서 저지른 인권범죄자들의 사면을 법이 허락하는 테두리 안에서 허락하는 일이다. 남아공의 차별적 사회구조는 첫 번 네덜란드인이 캅(Kap)에 도착했던 1652년부터 시작되었다고 볼 수 있지만 진리와 화해위원회는 조사 기간을 1960년에서 1944년으로 한정하였다. 이 보고서의 특별한 점은 피부색에 따라 개인의 권리와 정치적 권리를 제한한 아파르트헤이트 정치가 인류의 양심을 짓밟는 범죄행위임을 규정한 점이다.

또한 이 보고서는 경제영역에서 기업경영도 인권의 보존이라는 목적과 합치해야 함을 강조하고 있다.
아파르트헤이트 이후 남아공화국의 변화를 세 가지 측면에서 살펴볼 수 있다. 첫째는 아파르트헤이트 시대의 기업의 역할에 대한 질문이고, 둘째는 기업이 아파르트헤이트 정치에 어떤 영향을 주었는지 살피고, 셋째로 이에 대한 배상을 위해 진리와 화해위원회가 어떤 일을 하였는가 살펴볼 수 있다.
아파르트헤이트 이후 먼저 아파르트헤이트에 대한 서로 다른 해석이 등장했다. 통치정당(ANC)과 노동조합(COSATU), 그리고 남아공 공산당(SACP) 등은 아파르트헤이트가 흑인 노동력을 착취하고 흑인들의 경제활동을 파괴하는데 목적을 둔 경제체제로 보았다면, 남아공철강연합(SEISA)이나 아프리카 거래연구소(AHI)와 같은 기업가 집단들은 아파르트헤이트 정책으로 기업에도 부가적 손실을 가져왔다고 주장하였다. 진리와 화해위원회는 이 문제로 적지 않은 논쟁을 벌였다. 특히 국가와 기업의 상관관계를 어떤 기준에 따라 평가해야 할지 논의하였다. 결국 국가와 기업의 연관성을 세 단계로 규정하였다.
첫째는 기업이 인종차별적 억압정치에 참여했던 단계, 둘째는 기업의 생산을 비도덕적인 목적으로 사용했던 단계, 그리고 셋째는 기업이 일반적인 기업활동을 통해 아파르트헤이트 정치의 구조로 인해 이익을 챙겼던 단계이다.
많은 기업가들은 아파르트헤이트 정책으로 이익을 얻었다고 생각하지 않았다. 당시 남아공의 대표적인 기업가였던 번슈타인(Ann Bernstein)은 회사는 경제적 목적을 따르는 것이지 도덕적 규범을 표현하는 것이 아니라면서 과거 자신들의 경제행위를 정당화하였다. 그러나 유색인의 착취를 가능하게 했던 아파르트헤이트 국가의 인종차별적 구조로 인해 많은 기업들이 부당한 이익을 얻은 것은 그 누구도 부인하지 못한다. 흑인들의 저임금에 의지했던 남아공의 탄광산업이 그 대표적인 사례이다. 진리와 화해위원회는 모든 경제세계를 단지 파괴적인 집단으로 매도하지는 않고 매우 신중하게 다루었다. 왜냐하면 중에는 흑인에 대한 부당한 행동을 비판하고 그들과 연대하며 저항했던 기업들도 없지 않았기 때문이다.
1997년 보상과 회복위원회는 보상을 위한 정책제안서를 제출하였다.

보상은 두 가지 측면에서 고려되었다.
첫째, 피해사례가 발생한 원인과 둘째, 피해자가 이로 인해 어떤 이익을 얻었느냐는 문제였다. 보상과 회복위원회는 특별히 인권침해가 가져온 결과들을 주목하였다. 비록 이같은 보상이 희생자들이 받은 고난과 고통은 물론 죽은 자들을 되 돌이킬 수 없지만 생존자와 그 가족들의 삶을 개선하는데 큰 도움을 되었다. 적절한 보상이 없이는 화해도 없다는 것이다. 보상의 범위는 정부 당국자들에게 위임하였다. 1999년 말 진리와 화해위원회는 이 일의 보다 효과적 수행하고 앞으로 다시 이런 일이 없도록 방지하기 위해 대통령 곁에 특별위원회를 두도록 하였다. 희생자 개인들에게 경제적 보상을 했으며 이것이 여의치 않을 때에는 그들의 친척이나 자녀들에게 대신 보상하였다. 그러나 배상액은 높지 않아 개인의 경우 보상액이 일년에 23,000란트(Rand)를 넘지 못하게 규정하였다. 국회가 사건의 전말을 궁극적으로 결정할 때까지 기다릴 수 없는 경우에도 최소한 의료적이며 심리적 치료를 받을 수 있도록 배려하였다. 사형선고문이나 형사기록을 말소하거나 죽은 자의 무덤에 비석을 세우는 등 상징적인 보상도 이루어졌다.
그러나 남아공에서의 보상과정을 분석했던 독일의 역사학자 슈멜츠(Andrea Schmelz)의 지적과 같이 아파르트헤이트 정치의 청산과 인권침해에 대한 보상의 절차는 흑인과 백인간의 화해와새로운 시작이라는 역사적 요구에 밀려 철저하게 이루어지지 못했다.

이는 결국 남아프리카 공화국에서의 새로운 인권침해 상황을 막지 못하는 결과를 낳고 있다고 하겠다.